Az országgyűlés alsóházának két dunai kerülete ragaszkodott a katolikus vallás előjogaihoz. (A protestánsokat csak „bevett”, de nem egyenjogú felekezetnek tekinti.)

A Helytartótanács egyházi bizottsága új tervet készített a papnevelésről, amely a püspöki kar elképzeléseiből alig tett valamit a magáévá: a szemináriumokat teljesen az államhatalomnak vetette alá, az oktatók kinevezését, a tanrendet és a tankönyveket központilag szabályozta, a püspököknek csekély felügyeleti jogot hagyott meg.

A magyar katolikus püspöki kar – élve II. Lipót fölszólításával – tervezetet készített a papnevelésről: a generális szemináriumok eltörlendők, s helyükbe az egyházmegyeiek állítandók vissza. A teológia 4 félévre terjed. A tankönyvek kiválasztása és a tanárok megbízatása a püspökök feladata lett volna. Gr. Batthyány József hercegprímás, esztergomi érsek a tervet a Helytartótanácshoz nyújtotta be, amely véleményezésre kiadta a kebelében működő Commissio ecclesiasticának (egyházi bizottságnak). → szeptember 1.

A katolikus püspöki kar konferenciája elfogadta az országgyűlés alsóházának két dunai kerületében tárgyalt Prileszky Károly-féle 12 pontos javaslatát: teljes vallásszabadságot nyújtott a protestánsoknak, de az 1608. évi országgyűlés kautélájával (kizáró feltételével), vagyis az ne járjon a katolikus vallás megrövidítésével. Ennek értelmében vegyes házasságot továbbra is csak katolikus pap előtt lehet kötni, a vegyes házassági perekben a püspöki szentszékek az illetékesek, büntetendő cselekménynek minősült az aposztázia. Ha a protestánsok nem fogadnák el ezen engedményeket, akkor maradjon érvényben az 1715:XXX. törvénycikk, amely a vallásügyek rendezését a királyra bízta.

Temesvárott megnyílt a szerb nemzeti egyházi kongresszus. (A magyarországi ortodox egyház megszerveződésének alapja az 1779. július 16-án királyi jóváhagyást nyert Rescriptum Declaratorium Illyricae volt.) A kongresszuson két markáns vélemény fogalmazódott meg az egyház jövőjéről: az egyik teljes elszakadást Magyarországtól és közvetlenül a dinasztia alá rendelődést kívánt, a másik a magyarokéval azonos jogok elnyerését szorgalmazta. → 1792. június 26.

A Helytartótanács 22 658. számú rendelete közzétette II. Lipótnak az állami papnevelő intézeteket eltörlő határozatát. A papnövendékeket visszaküldték megyéspüspökükhöz, illetve szerzetesrendjükbe. (Az állami papnevelő intézeteket, az ún. „generale seminarium”-okat II. József 1783. szeptember 15-én, a 8885. számú rendeletében állította fel.) Az 1790/91. évi tanév őszén megnyitották az ismét felállított egyházmegyei szemináriumokat. Az elsők között volt az esztergomi, az egri, a szombathelyi és a pécsi egyházmegyei szeminárium. Azon egyházmegyék számára, ahol egyelőre nem nyílhatott meg a papnevelde, megmaradt a pozsonyi generális szeminárium.

Az országgyűlés teljes ülésén gr. Zichy Károly országbíró azt indítványozta, hogy az elmérgesedett viták miatt megoldatlan vallásügyi kérdést bízzák a király döntésére. Javaslatát a klérus egy részének ellentmondásával azzal a módosítással fogadták el, hogy a hitlevélbe bekerülhet a protestáns vallásszabadság, de ennek érvénye csupán Magyarországra szólhat, s nem terjedhet ki a színtiszta katolikus Horvátországra. A viták során az eltérően értelmezett bécsi és linzi békék magyarázatát is a királytól várták.

Giombattista Caprara bécsi nuncius jelentette Rómába, hogy II. Lipót a magyar nemzettel való megegyezés kedvéért hozzájárul az 1606-ban kötött és 1608-ban becikkelyezett bécsi, és az 1645-ben kötött és 1647-ben becikkelyezett linzi békekötés vallásügyi határozataihoz.

II. Lipót válaszolt az országgyűlés szeptember 2-i feliratára, és megerősítette az 1606-ban kötött és 1608-ban becikkelyezett bécsi, és az 1645-ben kötött és 1647-ben becikkelyezett linzi békekötés vallásügyi rendelkezéseit: szabad vallásgyakorlatot, templom- és iskolahasználatot biztosított a protestánsoknak; szavatolta hivatalviselési jogukat; eltörölte a protestáns vallásra való áttérés büntetését; más vallású istentiszteletekre és szertartásokra nem voltak kötelezhetők, ez alól csak a katonaság volt kivétel; a király felügyeleti jogának megtartásával vallási ügyeikben kizárólag saját elöljáróiktól függtek; megszűnt a katolikus papoknak és mestereknek járó stóla és párbér; lelkészeik minden korlátozás nélkül meglátogathatták betegeiket s a felekezetükhöz tartozó rabokat; a decretalis eskü katolikus mintája nem kötelezte őket; alapítványaik birtokukban maradhattak; házassági ügyeik saját egyházi hatóságukhoz tartoztak; a vallásháborítók az 1647:XIV. törvénycikk értelmében bűnhődtek; bűnvádi eljárást nem vont maga után a katolikus hitből való aposztázia, de kimondta, hogy a protestáns lelkészek senkit kitérésre rá nem beszélhetnek, ha pedig egy katolikus önként kívánná vallását elhagyni, köteles előbb hatheti hitoktatásban részt venni plébánosa által, s ha ezután is kitart szándéka mellett, az illetékes plébános köteles őt elbocsátani; a vegyes házasságokból származó gyermekek, ha az apa katolikus, az ő vallását követik, ha pedig az anya, a sexus sexum sequitur (nem nemet követ) elve érvényes; a vegyes házassági perek a püspöki szentszékekhez tartoznak; a protestánsok kötelesek a katolikus ünnepeket külsőleg megülni, vagyis a protestáns földesurak katolikus alattvalóikat ezen alkalmakkor nem vonhatják el az ünnepléstől, s nem kényszeríthetik munkára. A protestánsoknak szóló jogok csak Magyarországra vonatkoztak, a társországokra nem. → november 11.

Gr. Kollonich László kalocsai érsek a katolikus klérus nevében ünnepélyesen ellentmondott II. Lipót november 7-i vallásügyi döntésének. → november 30.