A Magyarországi Baptista Gyülekezetek Szövetsége országos közgyűlésén Elnöki Tanácsot hozott létre az országos elöljáróság tagjaiból, a kerületi missziósbizottságok elnökeiből és titkáraiból. E testület irányítja a közösség életét a két közgyűlés között.